Organi šole so:

• senat,
• akademski zbor,
• upravni odbor,
• študentski svet,
• dekan,
• prodekan,
• tajnik šole,
• komisije.

Strokovna opravila za delo šole opravlja tajnik.
Šola ima lahko tudi druge organe v skladu s statutom in na podlagi sklepa upravnega odbora.

Senat je najvišji strokovni organ šole in šteje najmanj devet (9) članov. Sestavljajo ga tisti člani akademskega zbora šole, ki so nosilci ali sonosilci najmanj enega izmed pedagoško izvajanih predmetov. V senatu so enakopravno zastopane vse znanstvene discipline ter strokovna področja šole. Senat lahko odloči, da so člani senata po položaju tudi predstojniki določenih organizacijskih enot šole. Člani senata šole so po svoji funkciji dekan ter predstavniki študentskega sveta šolte. Študenti imajo v senatu najmanj petino članov.

Senat Visoke šole za tehnologije in sisteme sestavljajo: akademik prof. dr. Marjan Blažič, dr. Milan Čampa, izr. prof. dr. Igor Janežič, prof. dr. Viljem Kralj, doc. dr. Franci Merzel, doc. dr. Simon Muhič, prof. dr. Peter Novak, prof. dr. Matija Tuma, doc. dr. Boštjan Zafošnik, Martin Jožef, Suzana Brulc.

Akademski zbor sestavljajo vsi visokošolski učitelji, znanstveni (so)delavci in visokošolski sodelavci, ki v tekočem semestru študijskega leta opravljajo pedagoško ali znanstvenoraziskovalno dejavnost na podlagi veljavnega pogodbenega razmerja s šolo. Pri njegovem delu sodelujejo tudi predstavniki študentov tako, da je njihovo število najmanj ena petina članov akademskega zbora.

Akademski zbor Visoke šole za tehnologije in sisteme sestavljajo: doc. dr. Franci Merzel (predsednik), visokošolski učitelji in sodelavci (29), predstavniki študentov (5).

Upravni odbor je organ upravljanja šole. Odloča o zadevah materialne narave in skrbi za nemoteno materialno poslovanje šole. Delo upravnega odbora vodi predsednik, ki ga izvolijo člani upravnega odbora izmed sebe z večino glasov vseh članov upravnega odbora za mandatno dobo enega leta.

Upravni odbor Visoke šole za tehnologije in sisteme sestavljajo: akademik prof. dr. Marjan Blažič (predsednik), doc. dr. Milan Čampa, Mojca Novak.

Študentski svet sestavljajo predstavniki študentov. Študentski svet obravnava in daje pristojnim organom mnenje o vseh zadevah, ki se nanašajo na pravice in dolžnosti študentov. Študentski svet oblikujejo študentje šole. Mandat članov študentskega sveta traja eno leto. Člane študentskega sveta imenujejo študentje šole na skupščini študentov, ki se skliče na začetku prvega predavanja na začetku akademskega leta.

Študentski svet Visoke šole za tehnologije in sisteme sestavljajo: Suzana Brulc (predsednik), člani (79).

Dekan je poslovodni organ in strokovni vodja šole. Dekan predlaga upravnemu odboru, senatu in drugim organom šole v sprejem splošne akte, sklepe in usmeritve in odgovarja za njihovo izvrševanje. Dekan predstavlja šolo in jo zastopa v pravnem prometu. V primeru ko funkciji strokovnega vodje-dekana in poslovodnega organa-direktorja nista ločeni, vse pogodbe, ki se nanašajo na denarne ali druge obremenitve šole, ki presegajo vrednost opredeljeno v statutu, na statusne, organizacijske in institucionalne spremembe šole oziroma njenih organizacijskih enot, sopodpisuje predsednik upravnega odbora, razen če ni s statutom drugače določeno.

Dekan Visoke šole za tehnologije in sisteme je: prof. dr. Peter Novak.

Prodekan pomaga dekanu pri izvajanju nalog, ki jih določi dekan. Šolaa ima enega ali več prodekanov. Prodekan, ki vodi določeno organizacijsko enoto šole, za svoje delo odgovarja na podlagi pogodbe o uvedbi in realizaciji programa ali projekta šoli kot celoti ter konkretnemu ustanovitelju projekta ali programa. Šolaa ima dva prodekana, prodekana za pedagoško delo ter prodekana za znanstvenoraziskovalno delo. Prodekan za pedagoško delo vodi, koordinira in nadzoruje izvajanje vseh postopkov, ki jih Visoka šola za tehnologije in sisteme vodi na področju študijskih programov ter skrbi za varovanje pravic in dolžnosti študentov. Prodekan za znanstvenoraziskovalno delo vodi, koordinira in nadzoruje izvajanje vseh postopkov, ki jih Visoka šola za tehnologije in sisteme vodi na področju znanstveno raziskovalnega dela visokošolskih učiteljev in sodelavcev šole ter dejavnosti v okviru drugih organov šole, ki izvajajo znanstveno raziskovalno dejavnost.

Prodekan za študijske zadeve je:  doc. dr. Boštjan Zafošnik.
Prodekan za znanstvenoraziskovalno delo je: doc. dr. Franci Merzel.

Za opravljanje upravno-administrativnih in strokovno-tehničnih nalog ima visokošolski zavod-šola tajništvo, ki ga vodi tajnik.
Tajnik je v pravnem prometu pooblaščen za sklepanje pravnih poslov v okviru pooblastil, ki mu jih dajeta dekan in direktor šole, v kolikor je na podlagi statuta imenovan.

Tajnik šole je: Miloš Šuštar.

Habilitacijska komisija je delovno telo senata šole. Habilitacijska komisija daje mnenje v postopku za izvolitev v naziv visokošolski učitelj in znanstveni delavec oziroma v postopku za odvzem naziva. Naloga habilitacijske komisije je zagotovitev enotne uporabe meril za izvolitev v naziv visokošolskega učitelja, znanstvenega delavca in visokošolskega sodelavca.

Habilitacijsko komisijo Visoke šole za tehnologije in sisteme sestavljajo: prof. dr. Peter Novak (predsednik), prof. dr. Viljem Kralj, prof. dr. Matija Tuma.

Komisijo za študijske zadeve sestavljata najmanj dva visokošolska učitelja in prodekan za pedagoško delo, ki je predsednik komisije po položaju. Člani komisije morajo v največji možni meri zastopati vsa področja študijskega programa.

Komisijo za študijske zadeve Visoke šole za tehnologije in sisteme sestavljajo: doc. dr. Boštjan Zafošnik, doc. dr. Simon Muhič, mag. Milan Šturm.

Komisijo za znanstveno raziskovalno delo sestavljajo najmanj dva visokošolska učitelja oziroma znanstveni delavci, od katerih je eden od članov prodekan za znanstveno raziskovalno delo, ki je predsednik te komisije po položaju. Naloge in pristojnosti komisije za znanstvenoraziskovalno delo in mednarodne odnose so skrb za razvoj raziskovalnega in razvojnega dela, usklajevanje prijav na domače in tuje razpise, usklajevanje letnih programov dela inštitutov in drugih raziskovalnih enot, pospeševanje interdisciplinarnega sodelovanja na področju R&R, skrb za usklajeno mednarodno sodelovanje na pedagoškem in raziskovalnem delu.

Komisijo za znanstveno raziskovalno delo  Visoke šole za tehnologije in sisteme sestavljajo: doc. dr. Franci Merzel (predsednik), doc. dr. Simon Muhič.

Komisijo za kakovost in evalvacije sestavljajo trije člani, ki jih imenuje senat šole. Dva člana predlaga dekan šole iz vrst visokošolskih učiteljev in sodelavcev, enega člana pa predlaga študentski svet. Naloge in pristojnosti komisije za kakovost in evalvacije so obravnava poročila šole o spremljanju, ugotavljanju in zagotavljanju kakovosti s področja šole kot celote, izobraževanja in raziskovanja, obravnava predlog kazalcev in standardov ter postopkov za spremljanje učinkovitosti po pomembnejših področjih dejavnosti šole, opravlja druge naloge v skladu s splošnimi akti šole, pravili šole in sklepi senata.

Komisijo za kakovost in evalvacije Visoke šole za tehnologije in sisteme sestavljajo: prof. dr. Viljem Kralj, doc. dr. Boštjan Zafošnik.